Uma pequena parte da Operação Marquês vai novamente para instrução, uma fase em que se decide se o caso segue ou não para julgamento. Isso mesmo resulta de um acórdão do Tribunal da Relação de Lisboa, que decidiu anular a decisão do juiz Ivo Rosa, o qual, em Abril de 2021, mandou julgar o ex-primeiro-ministro José Sócrates e o seu amigo, Carlos Santos, cada um, por três crimes de falsificação de documento e outros três de branqueamento de capitais.